gedit ~/.bashrc

добавить строки:
#записывать в хистори команды из всех открытых окон терминала (по умолчанию пишется только при закрытии окна)
shopt -s histappend
PROMPT_COMMAND='history -a'
#не записывать в хистори повторы команд
export HISTCONTROL="ignoredups"

Источник: Несколько советов по bash @ Записки о Linux.