Пожалуй, лучшая программа обработки видео под Linux — Kino не умеет из коробки работать с pulseaudio (который используют передовые дистрибутивы Linux). Лечится так — padsp kino (в настройках звука оставляем /dev/dsp). Подробнее — http://www.kinodv.org/article/view/173/1/13/